Al di sotto del sagrato del Duomo si trovano i resti di alcuni edifici di culto risalenti al periodo a cavallo tra l’Impero romano e il Medioevo, demoliti per favorire la costruzione della nuova Cattedrale. Questi reperti archeologici raccontano “la piazza” prima del Duomo, laddove si ergevano due basiliche: Santa Maria Maggiore (risalente al IX secolo) conosciuta anche come basilica Jemalis (invernale) e Santa Tecla (IV secolo), la basilica in uso durante i mesi estivi.

In prossimità di questi due edifici sorgeva anche il Battistero di San Giovanni alle Fonti, edificato dal 378. Fu proprio all’interno di quest’ultimo che sant’Ambrogio battezzò Agostino nel 387, quando Milano era capitale dell’Impero romano d’Occidente. Otto colonne movimentavano lo spazio a pianta ottagonale, al cui centro era collocato il grande fonte battesimale, anch’esso ottagonale, visibile ancora oggi. Nel VI secolo, a impreziosire il Battistero, furono aggiunti mosaici, pannelli marmorei e una raffinata pavimentazione a motivi geometrici in piastrelle bianche e nere, di cui sopravvivono ampie porzioni. Il Battistero di San Giovanni alle Fonti fu demolito e interrato quindi circa mille anni dopo la sua costruzione (dal 1386 circa) per lasciare spazio alla nascente Cattedrale.

Accanto al Battistero si trovava la Basilica estiva di Santa Tecla, di cui sono ancora visibili porzioni delle absidi datate tra la fine del IV e il XII secolo. Nell’area archeologica al di sotto del Duomo sono emersi anche i resti di alcune tombe di notabili e le tracce di un’antica aula tri-absidata, con ogni probabilità a destinazione funeraria.